出现于感染后二年以上。主要有如下几种：
(1)晚期良性梅毒。其基本损害为树胶肿，可能是对梅毒螺旋体抗原的一种炎症反应所致，其发病机制仍不甚清楚。显微镜下，活动性损害为肉芽肿病变，陈旧性损害为广泛的纤维化。在树胶肿内一般找不到梅毒螺旋体。此种炎症可侵犯任何器官，但最常见的是侵犯皮肤和骨骸。皮肤损害表现有真皮或皮下结节，溃疡性结节和树胶肿。结节常发生于面部、躯干和四肢，呈群集分布不对称，无痛性，进展缓慢，逐渐发生溃疡。溃疡一般由中央开始缓慢愈合，遗留瘢痕。皮肤树胶肿呈单个硬结，逐渐增大成浸润块，崩溃后形成溃疡，病程中一些区域自愈遗留瘢痕形成。如口腔粘膜和鼻粘膜受累时，可导致鼻中隔和软硬腭穿孔，骨骼损害主要有骨膜炎、骨树胶肿等。
(2)心血管梅毒。可有主动脉炎、主动脉瓣闭锁不全、主动脉瘤等。
(3)神经梅毒。可有脊髓痨、麻痹性痴呆、视神经萎缩等。